西南医科大学医学基础研究中心成立于1999年，2004年获批省教育厅“医学分子生物学四川省高校重点实验室”，2008年获批 “四川省中医管理局二级科研实验室”，2012年获批四川教育厅的高校重点实验室“肿瘤表观遗传学”和四川省卫生健康委医学重点实验室“表观遗传与肿瘤”。

中心围绕表观遗传学技术平台，基因诊断与肿瘤及个体化医药技术平台，形成四个特色研究方向：恶性肿瘤乳腺癌等的发病机制与防治；传统中草药活性成分及抗癌机理研究；罕见病的遗传学研究、诊断与预防；DNA指纹和法医物证。

近五年来，先后承担国家自然科学基金5项，省部级科研课题2项，厅局级科研课题19项，发表学术论文106篇，其中SCI 87篇。主编著作教材2本，获授权国家发明专利及实用新型技术专利12项。

中心先后与美国贝勒医学院、华东师范大学等国内外著名研究机构建立长期合作关系，承办国内大型会议3次。中心承担有与泰国清迈大学、澳门科技大学联合博士，浙江大学联合博士后的培养工作，博士后出站4人，博士毕业1人，在站博士后1人，在读博士2人。

中心与西南医科大学司法鉴定中心共建DNA实验室，先后多次顺利通过国家CNAS实验室认可认定。为本地及凉山州偏远贫困地区承担法医物证的亲子鉴定工作，已完成亲子鉴定工作数千例。