医学基础研究中心前身是成立于1999年的泸州医学院中心实验室。实验室于2001年顺利获得了“四川省中医药管理局二级科研实验室”分级登记，并于2004年由省教育厅批准获得“医学分子生物学四川省高校重点实验室”资格，2008年12月通过省教育厅组织的四川省高校重点实验室验收，并通过四川省中医药管理局组织的“四川省中医管理局二级科研实验室”分级登记证书的换证验收。2010年由医学分子生物学四川省高校重点实验室、神经生物学研究室、电子显微镜室及相关科技资源整合成立了医学基础研究中心。中心现有专职研究人员19人，组建了多个科研PI团队，形成了分子/细胞生物学与神经生物学、形态学、病原生物与免疫学、整体模式生物的动物实验模型等研究平台，可开展蛋白质组学、基因组学与个体化医药、表观遗传学、形态学分析、细胞培养、分子克隆、DNA指纹、疾病机制、基因表达调控等方面多学科交叉的科学研究工作，并与国内外一流大学和研究机构开展相关领域的学术交流和合作研究。研究中心专、兼职研究人员发表学术论文（著）共计170余篇，其中在SCI/EI收录期刊发表30余篇，主编或参编专著1部、教材（教学用书）8部。获得省科技进步三等奖1项、市科技进步一等奖1项、二等奖2项，通过省级科技成果鉴定2项。